جدل كبير بين الباحثين حول تاريخ مفهوم العدالة الانتقالية، بيد أن الربط بين ضمان تحقيق إجراءات تتعلق بالعدالة خلال فترات الانتقال السياسي يعد الأصل التاريخي الذي يعود له المفهوم في تطبيقاته التاريخية المختلفة. لقد جرت صياغة هذا المصطلح في وقت مبكر من تسعينيات القرن الماضي عندما أصبح علماء السياسة وحقوق الإنسان والعدالة يهتمون بشكل متزايد في كيفية انتقال دول الموجة الثالثة للديمقراطية في تصالح مع ماضيها السلطوي.
حدوث التحول السياسي بعد فترة من العنف أو الحرب الأهلية التي يمر بها مجتمع من المجتمعات. تجد الحكومة الانتقالية والمجتمع المدني والمحلي أنه أمام تركة صعبة من انتهاكات حقوق الإنسان، ولذلك تسعى الدولة إلى التعامل مع جرائم الماضي رغبة منها في تعزيز العدالة والسلام والمصالحة، ويفكر المسؤولون الحكوميون وناشطو المنظمات غير الحكومية في انتهاج مختلف السبل القضائية وغير القضائية للتصدي لجرائم حقوق الإنسان الواسعة الانتشار.
بعدئذ يتشكل المفهوم من خلال عدد من المصطلحات التي تدخل ضمنه من مثل إعادة البناء الاجتماعي، والمصالحة الوطنية، وتأسيس لجان الحقيقة، والتعويض للضحايا، وإصلاح مؤسسات الدولة العامة التي غالبًا ما ترتبط بها الشبهات أثناء النزاعات الأهلية الداخلية المسلحة مثل الشرطة وقوى الأمن والجيش.
